Järflotta naturreservat består av ön Järflotta med omgivande öar samt ytterskärgårdsöarna Gunnarstenarna.

Järflotta ligger 5 kilometer söder om Nynäshamn, och är en flack ö som till stor del är uppbyggd av sand- och grus. Huvuddelen av ön är tallskogsbevuxen sandhed. Hällmarkspartier finns i nordväst och sydost. Centralt på ön finns jordbruksmark. Sandstränder finns på flera platser. Sandstränderna är ovanliga i länet och här finns skyddsvärda växter. Skären runt Järflotta är häckplats för sjöfågel.

Gunnarstenarna består av sex öar samt ytterligare mindre skär belägna i Östersjön ca 19 km SO om Nynäshamn. Gunnarstenarna hyser en stor koncentration av ovanliga skärgårdsfåglar och har därmed ett mycket högt skyddsvärde. Ändamålet med reservatet är att för Järflottadelen av reservatet säkra ett för allmänhetens friluftsliv betydelsefullt skärgårdsområde och att bibehålla ett vackert jord- och skogsbruksområde men med beaktande av de djurskyddsintressen som finns på och kring ön.

Ändamålet med den del av reservatet som omfattar Gunnarstenarna är att skydda det rika fågellivet, i första hand skräntärna, tordmule och sillgrissla, men även de stora kolonierna av tobisgrissla och gråtrut samt övrigt fågelliv under häckningstiden.

Reservatsförvaltare: Skärgårdsstiftelsen

Markägare: enskild och staten.